{rfName}
Im

Indexat a

Llicència i ús

Icono OpenAccess

Citacions

24

Altmetrics

Grant support

Supported by the Carlos III National Health Institute funded by European Fundfor Regional Development grantsPI19/00553, PI16/00563, PI16/01898, and SAF2015-68016-R, Centro de Investigacion Biomedica en Red de Cancer, and Government of Catalonia (PERIS_MedPerCan and URDCat projects) grants 2017SGR1282 and 2017SGR496.

Anàlisi d'autories institucional

Del Valle Dominguez, JesusAutor o coautorRofes PAutor o coautorMenendez MAutor o coautorGonzález SAutor o coautorTornero EAutor o coautorBrunet JAutor o coautorTeule AAutor o coautorCapella GAutor o coautorFeliubadalo LAutor o coautorPineda MAutor o coautorLazaro CAutor (correspondència)

Compartir

21 d’octubre de 2020
Publicacions
>
Article
Sí

Improving genetic testing in hereditary cancer by RNA analysis: tools to prioritize splicing studies and challenges in applying American College of Medical Genetics and Genomics guidelines

Publicat a:Journal Of Molecular Diagnostics. 22 (12): 1453-1468 - 2020-12-01 22(12), DOI: 10.1016/j.jmoldx.2020.09.007

Autors: Rofes, P; Menéndez, M; González, S; Tornero, E; Gómez, C; Vargas-Parra, G; Montes, E; Salinas, M; Solanes, A; Brunet, J; Teulé, A; Capellá, G; Feliubadaló, L; del Valle, J; Pineda, M; Lázaro, C

Afiliacions

Bellvitge Inst Biomed Res, Oncobell Program, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Catalan Inst Oncol, Hereditary Canc Program, Barcelona, Spain - Autor o coautor
Ctr Invest Biomed Red Canc, Madrid, Spain - Autor o coautor

Resum

RNA analyses are a potent tool to identify spliceogenic effects of DNA variants, although they are time-consuming and cannot always be performed. We present splicing assays of 20 variants that represent a variety of mutation types in 10 hereditary cancer genes and attempt to incorporate these results into American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) classification guidelines. We selected 16 single-nucleotide variants, 3 exon duplications, and 1 single-exon deletion prioritized by in silico algorithms. RNA was extracted from short-term lymphocyte cultures to perform RT-PCR and Sanger sequencing, and allele-specific expression was assessed whenever possible. We detected aberrant transcripts in 14 variants (70%). We faced the difficulty of variant interpretation comparing old classification standards to generic ACMG guidelines and devised a proposal to weight functional analyses at RNA level. According to the ACMG guidelines, only 12 variants were reclassified as pathogenic/likely pathogenic because the other two variants did not have enough evidence. Our study highlights the importance of RNA studies to improve variant classification. However, it also indicates the challenge of incorporating these results into generic ACMG guidelines and the need to refine these criteria gene specifically. Nevertheless, 60% of variants were reclassified, thus improving genetic counseling and surveillance for carriers of these variants.Copyright © 2020 Association for Molecular Pathology and American Society for Investigative Pathology. Published by Elsevier Inc. All rights reserved.

Paraules clau

AdultAgar gel electrophoresisAgedAlleleAllelesArticleAtm proteinBrca1Brca1 proteinBrca2 proteinBreastBreast cancerCase reportCheckpoint kinase 2Cohort analysisCohort studiesComputer simulationControlled studyCopy number variationDna copy number variationsExonExon skippingExonsFamilial adenomatous polyposisFemaleFrameshift mutationGene expressionGene mutationGenetic predispositionGenetic predisposition to diseaseGenetic screeningGenetic testingGenetic variabilityGeneticsGenome, humanGenomicsGuidelinesHereditary tumor syndromeHigh throughput sequencingHigh-throughput nucleotide sequencingHumanHuman genomeHumansIntronIntron retentionIntronsLymphocyte cultureMajor clinical studyMaleMessenger rnaMethionineMiddle agedMultiplex ligation dependent probe amplificationMutationsNeoplastic syndromes, hereditaryOvarian-cancerOvary cancerPanelsPolymorphism, single nucleotidePractice guidelinePractice guidelines as topicPredictionProceduresProteinProtein p53Rad51c proteinReal time polymerase chain reactionRecommendationsRnaRna splicingRna, messengerSequence analysisSequence analysis, rnaSequence variantsSmad4 proteinUnclassified drugYoung adult

Indicis de qualitat

Impacte bibliomètric. Anàlisi de la contribució i canal de difusió

El treball ha estat publicat a la revista Journal Of Molecular Diagnostics a causa de la seva progressió i el bon impacte que ha aconseguit en els últims anys, segons l'agència WoS (JCR), s'ha convertit en una referència en el seu camp. A l'any de publicació del treball, 2020, es trobava a la posició 13/77, aconseguint així situar-se com a revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoria Pathology.

Des d'una perspectiva relativa, i atenent a l'indicador de impacte normalitzat calculat a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la font Dimensions, proporciona un valor de: 2.59, el que indica que, comparat amb treballs en la mateixa disciplina i en el mateix any de publicació, el situa com un treball citat per sobre de la mitjana. (font consultada: Dimensions Jul 2025)

Concretament, i atenent a les diferents agències d'indexació, aquest treball ha acumulat, fins a la data 2025-07-18, el següent nombre de cites:

  • WoS: 8
  • Scopus: 9
  • Europe PMC: 5

Impacte i visibilitat social

Des de la dimensió d'influència o adopció social, i prenent com a base les mètriques associades a les mencions i interaccions proporcionades per agències especialitzades en el càlcul de les denominades "Mètriques Alternatives o Socials", podem destacar a data 2025-07-18:

  • L'ús, des de l'àmbit acadèmic evidenciat per l'indicador de l'agència Altmetric referit com a agregacions realitzades pel gestor bibliogràfic personal Mendeley, ens dona un total de: 33.
  • L'ús d'aquesta aportació en marcadors, bifurcacions de codi, afegits a llistes de favorits per a una lectura recurrent, així com visualitzacions generals, indica que algú està fent servir la publicació com a base del seu treball actual. Això pot ser un indicador destacat de futures cites més formals i acadèmiques. Aquesta afirmació està avalada pel resultat de l'indicador "Capture", que aporta un total de: 39 (PlumX).

Amb una intenció més de divulgació i orientada a audiències més generals, podem observar altres puntuacions més globals com:

  • El Puntuació total de Altmetric: 9.5.
  • El nombre de mencions a la xarxa social X (abans Twitter): 1 (Altmetric).
  • El nombre de mencions a mitjans de comunicació: 1 (Altmetric).

És fonamental presentar evidències que recolzin l'alineació plena amb els principis i directrius institucionals sobre Ciència Oberta i la Conservació i Difusió del Patrimoni Intel·lectual. Un clar exemple d'això és:

  • El treball s'ha enviat a una revista la política editorial de la qual permet la publicació en obert Open Access.

Anàlisi del lideratge dels autors institucionals

Hi ha un lideratge significatiu, ja que alguns dels autors pertanyents a la institució apareixen com a primer o últim signant, es pot apreciar en el detall: Primer Autor (ROFES TORRES, PAULA) i Últim Autor (Lazaro Garcia, Concepcion).

l'autor responsable d'establir les tasques de correspondència ha estat Lazaro Garcia, Concepcion.