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Garcia-Mulero, SAutor o CoautorVarela, MAutor o CoautorDel Carpio, LpAutor o CoautorMoreno, RAutor o CoautorCosta-García, MAutor o CoautorAlemany, RAutor o CoautorPiulats, JmAutor (correspondencia)

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11 de enero de 2024
Publicaciones
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Artículo

Driver mutations in GNAQ and GNA11 genes as potential targets for precision immunotherapy in uveal melanoma patients

Publicado en:Oncoimmunology. 12 (1): 2261278- - 2023-12-31 12(1), DOI: 10.1080/2162402X.2023.2261278

Autores: Garcia-Mulero, Sandra; Fornelino, Roberto; Punta, Marco; Lise, Stefano; Varela, Mar; del Carpio, Luis P; Moreno, Rafael; Costa-Garcia, Marcel; Rieder, Dietmar; Trajanoski, Zlatko; Gros, Alena; Alemany, Ramon; Piulats, Josep Maria; Sanz-Pamplona, Rebeca

Afiliaciones

Bellvitge Biomed Res Inst IDIBELL, Oncol Data Analyt Program ODAP, Catalan Inst Oncol ICO, Oncobell Program,Unit Biomarkers & Susceptibil, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Bellvitge Univ Hosp, Dept Pathol, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Catalan Inst Oncol ICO, Bellvitge Biomed Res Inst IDIBELL, Procure Program, Oncobell Program, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
CIBERESP, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
CIBERONC, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
CIBERONC, Hosp Duran & Reynals, Avinguda Granvia Hosp 199-203, Barcelona 08908, Spain - Autor o Coautor
IDIBELL, ICO, Dept Med Oncol, Avinguda Granvia de Hosp 199-203, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Inst Canc Res, Ctr Evolut & Canc, Bioinformat Core, London, England - Autor o Coautor
Med Univ Innsbruck, Inst Bioinformat, Bioctr, Innsbruck, Austria - Autor o Coautor
Univ Barcelona, Fac Med & Hlth Sci, Dept Clin Sci, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Univ Barcelona, Fac Med & Hlth Sci, Dept Pathol & Expt Therapy, Anat Unit, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
Univ Hosp Lozano Blesa, ARAID Fdn, Inst Hlth Res Aragon IISA, Aragon Govt, San Juan Bosco 15, Zaragoza 50009, Spain - Autor o Coautor
Univ Hosp Lozano Blesa, ARAID Fdn, Inst Hlth Res Aragon IISA, Aragon Govt, Zaragoza, Spain - Autor o Coautor
Vall dHebron Inst Oncol VHIO, Tumor Immunol & Immunotherapy, Barcelona, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

Uveal melanoma (UM) is the most common ocular malignancy in adults. Nearly 95% of UM patients carry the mutually exclusive mutations in the homologous genes GNAQ (amino acid change Q209L/Q209P) and GNA11 (aminoacid change Q209L). UM is located in an immunosuppressed organ and does not suffer immunoediting. Therefore, we hypothesize that driver mutations in GNAQ/11 genes could be recognized by the immune system. Genomic and transcriptomic data from primary uveal tumors were collected from the TCGA-UM dataset (n = 80) and used to assess the immunogenic potential for GNAQ/GNA11 Q209L/Q209P mutations using a variety of tools and HLA type information. All prediction tools showed stronger GNAQ/11 Q209L binding to HLA than GNAQ/11 Q209P. The immunogenicity analysis revealed that Q209L is likely to be presented by more than 73% of individuals in 1000 G databases whereas Q209P is only predicted to be presented in 24% of individuals. GNAQ/11 Q209L showed a higher likelihood to be presented by HLA-I molecules than almost all driver mutations analyzed. Finally, samples carrying Q209L had a higher immune-reactive phenotype. Regarding cancer risk, seven HLA genotypes with low Q209L affinity show higher frequency in uveal melanoma patients than in the general population. However, no clear association was found between any HLA genotype and survival. Results suggest a high potential immunogenicity of the GNAQ/11 Q209L variant that could allow the generation of novel therapeutic tools to treat UM like neoantigen vaccinations.

Palabras clave

AdultAmino acid sequenceArticleBinding affinityBioinformaticsCancer immunotherapyCancer patientCancer riskCancer survivalCd8+ t lymphocyteCell infiltrationDifferential expression analysisGene frequencyGene mutationGene overexpressionGene set enrichment analysisGeneticsGenomicsGenotypeGna11Gna11 protein, humanGnaqGnaq protein, humanGtp-binding protein alpha subunitsGtp-binding protein alpha subunits, gq-g11Guanine nucleotide binding proteinGuanine nucleotide binding protein alpha subunitHaplotypeHlaHla a antigenHla antigenHla b antigenHumanHumansImmune systemImmunocompetent cellImmunogenicityImmunotherapyImproved predictionsKaplan meier methodMachine learningMelanomaMetabolismMetastasisMutationNatural killer cellNeoantigenNeural-networksOverall survivalPd-1PhenotypePredictionProportional hazards modelRank sum testRecurrence free survivalRna sequencingSurvivalT-cell epitopesTranscriptomicsTumor microenvironmentUnivariate analysisUvea melanomaUvea tumorUveal melanomaUveal neoplasmsVaccination

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Oncoimmunology debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2023, se encontraba en la posición 45/322, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Oncology.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir de las Citas Mundiales proporcionadas por WoS (ESI, Clarivate), arroja un valor para la normalización de citas relativas a la tasa de citación esperada de: 1.27. Esto indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: ESI 14 Nov 2024)

Esta información viene reforzada por otros indicadores del mismo tipo, que aunque dinámicos en el tiempo y dependientes del conjunto de citaciones medias mundiales en el momento de su cálculo, coinciden en posicionar en algún momento al trabajo, entre el 50% más citados dentro de su temática:

  • Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions: 3.15 (fuente consultada: Dimensions Sep 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-09-04, el siguiente número de citas:

  • WoS: 7
  • Scopus: 5
  • Europe PMC: 5

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-09-04:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 16.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 16 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 6.55.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 9 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Este trabajo se ha realizado con colaboración internacional, concretamente con investigadores de: Austria; United Kingdom.

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (GARCIA MULERO, SANDRA) .

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Piulats Rodriguez, Jose Maria.